Tests génétiques simplifiés pour tous les types d’EB

Des chercheurs se sont rendus dans différents pays d'Asie du Sud-Est pour travailler avec des médecins locaux sur le diagnostic et la prise en charge des patients atteints d'EB. Ils utilisent une nouvelle technologie de séquençage à lecture longue pour découvrir des modifications génétiques qui ne sont pas détectées par l'ancienne technologie de séquençage à lecture courte.

Chercheur principal : Le Dr Tan est un généticien moléculaire formé, titulaire d’une maîtrise ès sciences de l’Université du Wisconsin – Madison et d’un doctorat de l’Institut de biologie moléculaire et cellulaire.

Co-chercheur : Le Dr Koh est un dermatologue pédiatrique spécialisé dans les troubles génétiques de la peau, notamment l'EB. Il a contribué à la création de DEBRA Singapore et collabore fréquemment avec d'autres dermatologues pédiatriques de la région pour prendre en charge les patients atteints d'EB.

« Bien que certains cas puissent être diagnostiqués cliniquement, le chevauchement des manifestations et les manifestations liées à l’âge rendent difficile l’établissement d’un diagnostic précis du type spécifique. Obtenir un diagnostic génétique dans l’EB permettra d’établir un diagnostic précis du sous-type spécifique, ce qui est important pour le pronostic à long terme et la gestion appropriée des symptômes. […] L’identification de la mutation génétique est également importante pour les tests prénataux dans les cas graves et les tests familiaux des parents biologiques, et guide les décisions en matière de planification familiale. »

– Docteur Tan

Titre de la subvention : Améliorer le diagnostic génétique de l'épidermolyse bulleuse par séquençage à lecture longue.

L'épidermolyse bulleuse (EB) est une maladie rare caractérisée par une fragilité cutanée, entraînant des cloques et des érosions en cas de traumatisme mineur. Dans certains types d'EB, des cicatrices peuvent apparaître à la suite des cloques et des érosions. Outre la peau, l'EB peut également affecter les surfaces muqueuses tapissées d'épithélium, telles que la bouche, l'œsophage, le tube digestif, les voies urinaires et les yeux. Des cicatrices peuvent apparaître dans ces tissus, entraînant d'autres complications telles que des sténoses. L'EB peut également entraîner d'autres complications telles que l'anémie, une mauvaise croissance et des problèmes orthopédiques, ainsi qu'un risque accru de certains types de cancers de la peau, tels que le carcinome épidermoïde. Les quatre principaux types d'EB (EB simplex, EB jonctionnelle, EB dystrophique et syndrome de Kindler) sont causés par des anomalies génétiques.

L'EB étant cliniquement hétérogène, avec un spectre de gravité et des présentations qui se chevauchent, il peut être difficile de distinguer les principaux types, ainsi que les plus de 30 sous-types cliniques, en particulier pendant les premières années de la vie. Une confirmation moléculaire doit être effectuée pour établir un diagnostic définitif afin d'aider à prédire l'issue à long terme et de guider le traitement approprié. Le taux de réussite pour obtenir un résultat positif par le biais de tests génétiques varie de 50 à 90 % pour les méthodes actuelles de séquençage monogénique de Sanger ou de séquençage multigénique à lecture courte. Le séquençage à lecture longue n'a pas été largement utilisé pour étudier plusieurs gènes d'EB. La technologie de lecture longue Nanopore peut séquencer de longs fragments d'ADN pour permettre un séquençage plus complet de l'ensemble du gène et peut entraîner un meilleur rendement dans la découverte des mutations génétiques sous-jacentes, fournissant ainsi un diagnostic plus précis.

Les caractéristiques cliniques des différents types d'EB peuvent se chevaucher et poser souvent un dilemme diagnostique en début de vie. Des tests génétiques précoces et précis peuvent conduire à un diagnostic rapide du sous-type d'EB, offrant un meilleur pronostic et une meilleure prise en charge ainsi qu'à l'anticipation et au suivi des complications.

Actuellement, les tests génétiques se font par séquençage simultané de plusieurs gènes ou de l'exome (régions du génome contenant des gènes), qui séquence généralement de courts fragments. Le séquençage par nanopore de fragments plus longs (y compris des régions non codantes) peut potentiellement entraîner un rendement diagnostique plus élevé et révéler davantage de variantes génétiques. Obtenir un résultat génétique positif est important pour les patients. Dans les cas pédiatriques graves, il est important de permettre aux parents de clore le chapitre et de faciliter une future grossesse. L'identification de la variante génétique chez un sujet permet également d'évaluer le risque pour la famille élargie. Les informations sur le défaut génétique peuvent également être utilisées pour les tests de porteurs de formes récessives d'EB où les deux allèles défectueux sont hérités des deux parents qui portent chacun une copie défectueuse. Des tests génétiques peuvent également être effectués pour identifier les mutations spontanées des formes dominantes d'EB pour les tests prénatals ou préimplantatoires.

Pour mieux comprendre l’évolution clinique de la maladie sous-jacente aux symptômes de l’EB, il faudrait identifier davantage de variantes génétiques chez plusieurs patients afin de mieux corréler les données génétiques avec les manifestations de la maladie. La découverte de davantage de variantes génétiques permettrait également de mieux comprendre les processus moléculaires au cours de la pathogenèse de la maladie, ce qui pourrait conduire au développement de nouveaux agents pharmacologiques et d’autres traitements.

Je suis généticien et je m'intéresse à la découverte des causes des maladies d'origine génétique. Mon co-chercheur est un dermatologue qui s'intéresse particulièrement à l'EB. Il est actif au sein de la communauté locale de l'EB et également dans la région, se rendant dans d'autres pays d'Asie du Sud-Est pour travailler avec les médecins locaux sur le diagnostic et la prise en charge des patients atteints d'EB. Nous avons utilisé le séquençage génétique pour identifier les anomalies moléculaires des troubles génétiques. Le séquençage de nouvelle génération utilisant la technologie de lecture courte (comme les plateformes Illumina et Ion) est désormais bien établi et est devenu la norme de soins dans la pratique clinique, mais il présente des limites dans la gamme des anomalies génétiques qu'il peut identifier. Nous travaillons sur la nouvelle technologie de séquençage de lecture longue pour espérer découvrir des anomalies génétiques qui ne sont pas détectées par le séquençage de lecture courte, qui comprennent des délétions, des insertions et des duplications plus importantes.